Поскольку таковых море, опишу то, что особо запомнилось (или посещал недавно), не претендуя на полноту.

Церковь Niguliste(5) - Таллин, Vanalinn. Образец католической (позже - лютеранской) церкви - витражи, стрельчатые окна, высокая башня. Приятная замшелость. Проводятся концерты органной музыки (не был). Как церковь не используется, когда нет мероприятий - заперта.

Церковь Oleviste(5) µ - Таллин, Vanalinn. Самый высокий шпиль Таллина, поздняя готика с множеством башенок, окошечек и других излишеств. Расположена в очень узком месте - целиком не охватить, поэтому лучше обойти вокруг, а потом еще забраться куда повыше и посмотреть оттуда. В кадр не входит. Ныне там баптисты.

Домский/Петропавловский собор(5) - кв.7-2, Тарту. Огромный собор, лежащий в руинах уже 5 веков (небольшая часть восстановлена для нужд университетской библиотеки). Сильнейшее впечатление (хотя, может быть, сказывается общий недостаток повседневной романтики - видно, книжек в детстве перечитал).

Церковь Toom/Домская(4) - Таллин, Toompea. Мне показалась неожиданно не слишком выразительной (вроде, считается главной лютеранской), зато очень старая. Хорошо смотрится из-за пределов крепости вместе с православным собором.

Церковь Kaarli(4)µ - Таллин, на юго-восток от Toompea. Единственная двухголовая лютеранская церковь в городе, на неё легко сориентироваться со смотровых площадок. Сравнительно новая (XIX в.), выглядит неплохо, является базой и концертной площадкой для всемирно известного детского хора.

Собор Александра Невского(3)µ - Таллин, Toompea. Главный (возможно, единственный) православный собор в Таллине. По преданию (подозреваю, что современному), построен из вредности на могиле эстонского Ильи Муромца - Калевипоэга. Псевдовизантийский стиль, много золота, контраст с исконно местной архитектурой.

Церковь Puhavaimu(3) - Таллин, Vanalinn. Лютеранская, очень обыкновенная, как всё в Таллине - очень на своём месте.

Церковь Jaani(3) - Таллин, на юг от Vanalinn. Редкий случай - на открытом месте (удобно фотографу), без изюминки (стоит ли снимать?).

Церковь Kolmainu(3) - кв.3-2, Rakvere. Издалека торчит хорошо, вблизи вид вполне обычный.

Церковь Иоанна Крестителя(3) - кв.7-2, Тарту. Довольно обыкновенная лютеранская церковь, без изысков.

Церковь Св.Николая(2) - Таллин, Vanalinn. Православная, типовая. Внутри благолепно.

Церковь Рождества Богородицы(2) - кв.3-2, Rakvere. Православная, бывший полковой храм. Соответственно, вид непритязательный, хотя отреставрирована качественно.

Богоявленская церковь(2) - кв.4-1, Johvi. Православная, небольшая, красного кирпича, скорее напоминает часовню. Первое место службы Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II.

Воскресенский собор(1) - кв.4-2, Нарва. Очередное творение рубежа XIX и XX веков - невыразительно и обшарпано.